We are searching data for your request:
Upon completion, a link will appear to access the found materials.
Roepat
(Str: dp. 16,100; 1,466'0 ", b. 55'11", dr. 28'9 ", s. 11 k; cpl. 70; a. 1 5", 1 3 ")
Roepat (ID -nr. 2536), gebou in 1914 deur William Hamilton & Co., Ltd., Glasgow, Skotland, vir diens as 'n Duteh -dieretransportskip, is in beslag geneem deur Amerikaanse doeanebeamptes, oorgeneem en in diens geneem as 'n vloot oorsee Vervoersdiensvaartuig 17 Mei 1918 in New York.
Na opknapping en herinrigting laai Roepat 'n oordeel van die algemene leërvoorrade en vaar op 2 Junie in 'n konvooi na Brest en St. Nazaire, waar sy haar vrag afgelaai het. Sy het op 30 Julie in konvooi na New York teruggekeer.
Sy laai voorraad van die weermag by Norfolk, en sy vaar op 17 Augustus in die konvooi van New York na Marseille, waar sy op 6 September aankom om haar vrag af te laai. Sy het 18 Oktober na New York teruggekeer om herstelwerk te ondergaan en weermagvrag na Verdon te laai waar sy op 18 November aangekom het. Sy is 22 Desember terug na Norfolk.
Sy laai 'n vrag vir die Shipping Board -rekening in Baltimore, en bunker in New Orleans en vaar vanaf laasgenoemde hawe op 5 Februarie 1919 na Cette via Newport News. Nadat sy haar vrag koring en graan na die Switserse regering gestuur het, het sy op 6 Mei na New York teruggekeer en herstelwerk ondergaan.
Roepat vaar 24 Mei na Portland, Maine, waar sy 'n vrag vir die skeepsraad laai en op die 29ste na Amsterdam vaar waar sy op 28 Junie aankom. Op 30 Junie is Roe pat buite kommissie geplaas en teruggestuur na haar eienaar, Nederland Stoomvaart Maats chappij.
Inleiding tot Short Tandem Repeat
Ek hoop almal bly veilig en gesond gedurende hierdie ongelukkige tye. My laaste pos was om 'n nuwe MLS -graad te wees en om my loopbaan as molekulêre tegnoloog aan die Noordwes -Universiteit se Transplant Lab te begin. Tyd vlieg beslis verby!
Vandag gaan ek 'n basiese inleiding gee oor 'n toets waarop ek onlangs opgelei is, genaamd Short Tandem Repeat (STR). As u 'n blik op u genoom sou neem, sou dit vol herhalende rye wees. Alhoewel daar baie verskillende klassifikasies van herhalende rye is, is STR's 'n tipe tandem -herhalende ry waar elke herhaling ongeveer 2 tot 7 nukleotiede lank is. 1,2,3 STR is bekend in die forensiese wetenskap om 'n verdagte op 'n misdaadtoneel te help identifiseer wanneer verskillende DNS-bronne teenwoordig is. Tog is die toepassings daarvan baie - van bevestiging van sellyne, vaderske toetsing en tot chimerisme -analise! 4
Prent 1. Elektroferogram wat twee verskillende allele (11 en 17) binne 1 lokus (D6S1043) uitbeeld. Alleel 11 het 11 herhalings en alleel 17 het 17 herhalings.
STR's is polimorf, 'n nuttige kenmerk onder baie, wat die gebruik daarvan in die identifisering van die bron van DNA veral voordelig maak. 'N STR -alleel word gedefinieer deur die aantal kere wat die herhalende volgorde, hierbo gedefinieer, herhaal. (Beeld 1). 1 Individue is heterosigoties of homosigoties op elke lokus. Namate die getal STR -lokusse wat geëvalueer word toeneem, neem die statistiese krag van diskriminasie toe en die waarskynlikheid dat 'n ander individu dieselfde profiel het, word steeds onwaarskynlik en klein verskille word opgemerk. 3,4 In ons laboratorium evalueer ons 'n totaal van 21 verskillende plekke!
Boonop gebruik ons STR in ons HLA -laboratorium om die status van chimerisme te monitor by pasiënte wat 'n allogene stamseloorplanting ondergaan het. Voor hul oorplanting word pasiënte gekoppel aan 'n skenker via hul HLA -stelsel (anders as STR). Sodra 'n HLA-pasmaat bevestig is, gebruik ons die pasiënt se vooroorplanting en die skenker se monster om STR-informatiewe allele te genereer. Informatiewe allele is allele wat slegs by die ontvanger voorkom en nie die skenker nie. Hierdie allele is belangrik omdat stamseloorplantings die murg van die ontvanger vervang en die opsporing van ontvanger-DNA in post-oorplantingsmonsters is deurslaggewend vir die identifisering van verwerping of terugval van hul siekte. Boonop word lokusse wat informatiewe allele bevat, gedefinieer as informatiewe lokusse; dit is die lokusse wat dan gebruik word om die persentasie chimerisme te identifiseer (prent 2).
Beeld 2. Skenker en ontvanger (vooroorplanting) word in die eerste twee elektroferogramme voorgestel. Die groen "D1R" etikette verteenwoordig gedeelde allele, die blou "D1" etikette verteenwoordig skenker spesifieke allele, en die bruin "R" etikette verteenwoordig ontvanger spesifieke allele. In die eerste lokus, AMEL, is daar geen informatiewe allele nie en daarom is dit nie 'n insiggewende lokus nie. In die volgende lokus, D3S1358, is daar een gedeelde allel, 15, een skenkerallel, 17 en een ontvanger insiggewende alleel, 18. Informatiewe lokusse het ontvanger -informatiewe allele en kan die teenwoordigheid van ontvanger -DNA in 'n monster opspoor. in hierdie geval is al die volgende loci na AMEL insiggewende loci. CD3 (na-oorplanting) word op die derde elektroferogram voorgestel. In hierdie voorbeeld is dit duidelik dat die pasiënt 'n soort transplantaatmislukking of herhaling van hul siekte ondervind, omdat hul eie selle, in plaas van net die skenker, teenwoordig is.
As die ontvangerselle weer na vore kom, kan ons die relatiewe allelpieke opspoor en dit aan die ontvanger of skenker toewys deur na die insiggewende allele te verwys. Alleelpieke word dan gebruik deur vergelykings in ons sagteware wat die oppervlakte onder hierdie gedefinieerde pieke meet en dan 'n skenkerpersentasie chimerisme bereken. Sodra die insiggewende verslag opgestel is, kan ons enige voorafgaande na-oorplantingsmonster vergelyk om die status van die pasiënt se chimerisme te bepaal (prent 2).
Interessant genoeg isoleer ons nie net die DNA van die na-monster buffy soos met ander monsters nie. Ons skei eerder elke posmonster in 'n totaal van drie submonsters. Die eerste is bloot die pasiënt se perifere bloed - niks besonders nie. Die ander twee is geïsoleer van die res van die perifere bloed wat nie in twee afsonderlike selstamme gebruik is nie - limfosiete (CD3+) en myelosiete (CD33+). Hierdie proses is uiters arbeidsintensief en kan 'n stel van tot 8-12 pasiënte op 'n slag verwerk, en elke stel duur tot 4-5 uur.
Die proses begin deur perifere bloed uit te deel vir DNA -isolasie (monster 1), die res te neem en dit oor 'n limfosietskeidingsmedium (LSM) te plaas. Oes dan die limfosiet/wit sel laag uit die gespin LSM. Vervolgens voeg ons CD3 en CD33 cocktails vir die seleksie van teenliggaampies en magnetiese krale by. Dan doen ons 'n reeks wasgoed met magnete en eindig uiteindelik met ons gesuiwerde CD3- en CD33 -selpopulasies. Hulle suiwerheid word bepaal deur vloeisitometrie, 'n belangrike komponent om te bevestig dat ons leukosiet -subgroepe nie besmet is met ander leukosietpopulasies nie - aangesien besmetting die doel van die ontleding van verskillende afstammelinge sou verslaan.
Laastens neem ons die geïsoleerde DNA uit die drie submonsters en versterk dit met spesifieke primers en fluorescerende etikette deur PCR. Daarna word die monsters op 'n kapillêre elektroforese -instrument gelaai. Hierdie instrument sal elke fragmentlengte, gedefinieer deur die primers en die herhalings binne, opspoor en hierdie fragmente kan identifiseer deur grootte, fluorescerende etikette, lasers en detektore. Die instrument genereer dan data wat ons na ons ontledingsplatform kan neem, dit is ChimerMarker. Hierdeur kan ons die data ontleed en ons kliniese verslae genereer.
Alhoewel uiters tydsintensief, is afstammingspesifieke chimerisme van kritieke belang by stamseloorplanting, omdat dit meer insiggewend en sensitief is as totale leukosietanalise-omdat dit verskeie groottes meer sensitief is as om slegs perifere bloed alleen te ontleed. Dit laat die vroeë opsporing van klein chimere selpopulasies toe wat andersins onopgemerk kan bly, aangesien een subgroep in die perifere bloed 'n ander subset met 'n toenemende persentasie ontvangerselle kan "maskeer". Die diagnose van hierdie kleinsellige chimere selpopulasies so vroeg as moontlik is van kritieke belang vir terapeutiese ingrepe en vermindering van entverwerpings. 2,5,6
Verder is die opsporing daarvan nie net belangrik nie, maar deur ons analise kan ons die persentasie skenkerselle en ontvangerselle bereken. Ons meld gereeld die skenkerpersentasie (%) chimerisme aan. Byvoorbeeld, 'n pasiënt 322 dae na die oorplanting kan 'n donor-chimerisme van 96% in hul perifere bloed hê, 100% in hul CD33-afstamming en 73% in hul CD3-geslag. Dan, op dag 364 na die oorplanting, kan hulle dan 100% in hul perifere bloed wees, 100% in hul CD33-afkoms en 92 persent in hul CD3-afkoms. Twee dinge om in hierdie voorbeeld op te let, is dat die persentasies verander (toeneem in donorchimerisme in hierdie geval) en dat die perifere bloed 100% chimerisme in die tweede monster na 364 dae uitgedruk het, maar as ons spesifiek kyk na die CD3-subpopulasie op 364 dae was daar steeds 8% van die ontvangerselle teenwoordig (prent 3 en 4).
Beeld 3. Monsters 322 dae na oorplanting. Perifere bloed meld 96% skenkerchimerisme. CD3 en CD33, gesuiwer van perifere bloed, rapporteer onderskeidelik 73% en 100% skenkerchimerisme. 
Beeld 4. Monsters 364 dae na oorplanting, dieselfde pasiënt as in prent 3 hierbo. Perifere bloed meld 100% skenkerchimerisme. CD3 en CD33, gesuiwer van perifere bloed, rapporteer onderskeidelik 92% en 100% skenkerchimerisme.
Sommige studies het nie net gefokus op die neigings in persentasies wat verander nie, maar ook op hul relatiewe persentasie -konstellasie. Een studie het byvoorbeeld bevind dat toenemende ontvanger -CD3 -selle 'n verhoogde voorspellingsfaktor vir die verwerping van transplantaat het. Daar is ook gevind dat verdere sub-leukosietpopulasies hierdie voorspellingsvermoë verhoog het. Daar is nog meer studies gedoen oor chimerisme en die nut daarvan om graft versus gasheersiekte (GvHD) te voorspel. Hierdie siekte word gedefinieer deur skenker -leukosiete wat die leukosiete en weefsels van die ontvanger aanval. Deur hierdie en ander bevindings is die potensiaal en toepaslikheid van chimerisme -monitering uiters noodsaaklik vir pasiëntsorg tydens hul oorplantingsprogressie. 2,5,6,7
Alhoewel engraftment 'n baie dinamiese proses is, wat verskil van individue en siektetipes, is engraftment-monitering 'n manier om terapeutiese benaderings te monitor en uiteindelik te beïnvloed. 2,5,6 Ek is trots om by te dra tot die wonderlike span hier aan die Noordwes -Universiteit en ek streef daarna om meer te leer oor die proses - beide klinies en in die laboratorium. In toekomstige artikels hoop ek om meer in detail te gaan oor die proses en ander toetse wat ons uitvoer.
Dankie vir die lees! Tot volgende keer! Bly veilig en veilig gedurende hierdie onseker tye!
- Life Technologies. 2014. DNA -fragment -analise deur kapillêre elektroforese. Thermo Fisher Scientific. http://www.thermofisher.com/content/dam/LifeTech/global/Forms/PDF/fragment-analysis-chemistry-guide.pdf.
- Kristt, D., Stein, J., Yaniv, I., & Klein, T. (2007). Assessering van kwantitatiewe chimerisme in die lengte: tegniese oorwegings, kliniese toepassings en roetine haalbaarheid. Beenmurgoorplanting, 39 (5), 255–268. doi: 10.1038/sj.bmt.1705576
- Clark, JR, Scott, SD, Jack, AL, Lee, H., Mason, J., Carter, GI, Pearce, L., Jackson, T., Clouston, H., Sproul, A., Keen, L. , Molloy, K., Folarin, N., Whitby, L., Snowden, JA, Reilly, JT en Barnett, D. (2015), Monitering van chimerisme na allogene hematopoietiese stamseloorplanting (HSCT): Tegniese aanbevelings vir die gebruik van tegnieke wat gebaseer is op kort tandem herhaal (STR), namens die Verenigde Koninkryk National External Quality Assessment Service for Leucocyte Werkgroep vir immunofenotipering van chimerisme. Br J Haematol, 168: 26-37. doi: 10.1111/bjh.13073
- Herhalingsanalise vir kort tandem in die navorsingslaboratorium. (2012). Ontsluit 10 April 2020 vanaf https://www.promega.com/resources/pubhub/short-tandem-repeat-analysis-in-the-research-laboratory/
- Breuer, S., Preuner, S., Fritsch, G., Daxberger, H., Koenig, M., Poetschger, U.,… Matthes-Martin, S. (2011). Vroeë ontvanger-chimerisme-toetse in die T- en NK-sellyne vir risiko-evaluering van transplantaatafstoting by pediatriese pasiënte wat allogene stamseloorplanting ondergaan. Leukemie, 26(3), 509–519. doi: 10.1038/leu.2011.244
- Buckingham, L. (2012). Molekulêre diagnostiek: beginsels, metodes en kliniese toepassings. Philadelphia: F.A. Davis Company.
- Rupa-Matysek, J., Lewandowski, K., Nowak, W., Sawiński, K., Gil, L., & Komarnicki, M. (2011). Korrelasie tussen die kinetika van CD3-chimerisme en die voorkoms van graft-versus-gasheer-siekte by pasiënte wat allogene hematopoietiese stamseloorplanting ondergaan. Oorplantingsprosedures, 43(5), 1915–1923. doi: 10.1016/j.transproceed.2011.02.011
-Ben Dahlstrom is 'n pas gegradueerde van die NorthShore University HealthSystem MLS -program. Hy werk tans as 'n molekulêre tegnoloog vir die Noordwes -Universiteit in hul oorplantingslaboratorium en voer HLA -tik op beenmurg en vaste orgaanoorplantings uit. Sy belangstellings sluit in mikrobiologie, molekulêre, immunologie en bloedbank.
Bespreking
Die eerste DNA -tiktegnologie wat in die middel van die 1980's bekendgestel is, was RFLP. Die RFLP -metode van DNA -tik het kerneenhede van rye behels wat bestaan uit 30 tot 100 nukleotiede wat in baie herhalings (VNTR) voorkom. Die RLFP -metode vir DNA -tik vereis ongeskonde genomiese DNA in groot hoeveelhede (20 tot 30 mg). Die biologiese monsters wat in 'n forensiese wetenskaplaboratorium ontvang word, word egter gewoonlik deur die omgewing aangerand en soms kan slegs klein hoeveelhede DNA verkry word. Daarom kon die RFLP -metode in baie situasies nie toegepas word nie.
Die DNS -tikmetode wat tans gebruik word, is STR -tik. In hierdie metode kan baie loki wat bestaan uit kerneenhede van nukleotiede wat tot 'n lengte van 80 tot 400 basispare herhaal word, saam versterk word en kan die resultate op dieselfde dag verkry word deur outomatiese DNS-fragmentontledings. Hierdie tegnologie is beter as die RFLP -metode omdat dit klein hoeveelhede DNA (0,5 tot 1 ng) benodig en afgebreekte monsters ook getoets kan word.
DNA -analise het 'n belangrike rol gespeel in die versekering van skuldigbevindings in honderde geweldsmisdade, van moord tot aanrandings. Dit het ook gehelp om verdagtes uit die weg te ruim en het gelei tot vryspraak en vrylating van voorheen veroordeelde individue. DNA kan ondersoeke fokus, en sal waarskynlik verhore verkort en tot skuldige pleidooie lei. Dit kan sommige oortreders ook daarvan weerhou om ernstige oortredings te pleeg. Die toenemende gebruik van forensiese DNS-bewyse sal tot langtermynbesparings vir die strafregstelsel lei.
Deur DNA -data in rekenaardatabanke te stoor, kan DNA -analise gebruik word om misdade sonder verdagtes op te los. Forensiese wetenskaplikes kan DNA -profiele van biologiese bewysmonsters met 'n databank vergelyk om die polisie te help om verdagtes op te spoor. 'N Databank sou ook moontlik maak dat onopgeloste vroeëre oortredings waar DNA -bewyse gevind is, maar nie met die oortreder verbind is nie, opklaar as DNS -monsters wat van 'n verdagte geneem is in verband met 'n latere oortreding, ooreenstem met die getuienis wat op die toneel van die vroeëre misdaad gevind is . 'N Nasionale DNS -databank sal die polisie ook help om reeks -oortreders binne en oor die hele land te identifiseer.
Forensiese DNA -analise word regoor die wêreld uitgevoer. Daarom is dit noodsaaklik van die ontwikkelende lande, insluitend Maleisië, om 'n nasionale DNA -databasis te ontwikkel en saam te stel wat bestaan uit 'n DNA -profielindeks van 'n#x0201 -misdaadtoneel ”, en#x0201 veroordeelde oortreder se DNA -profielindeks ”, en 'n indeks wat DNA -profiele bevat van ongeïdentifiseerde liggame en liggaamsdele. Hierdie poging sal op sy beurt gepaste wysigings in die strafwette regverdig om wetstoepassingsagentskappe te help om persone te identifiseer wat na bewering ernstige en gewelddadige oortredings gepleeg het en om monsters te versamel vir die databasis van DNA -profilering. Tot op hede is daar reeds gepubliseerde gegewens vir 9 STR's vir drie etniese bevolkingsgroepe van Maleisië (Maleis, Chinees en Indiërs) (21, 22) en is daar tans pogings aan die gang om subpopulasies van Maleiers in te tik en die nuut gevalideerde, 15 STR profilering te begin kit in verskillende bevolkings in Maleisië. Uitgebreide databasis en DNA -profilering van misdadigers en die indeksering daarvan sal help om die opsporing van misdaad te bespoedig.
Hoe werk DNA -bewyse
Vanaf die misdaadtoneel reis 'n stuk DNA -bewyse na 'n forensiese laboratorium. Hierdie laboratoriums wissel heelwat, sowel in terme van hoe hulle gestruktureer is en watter soort ontledings hulle bied. Openbare laboratoriums word dikwels verbind met 'n wetstoepassingsentiteit of die kantoor van die distriksprokureur, terwyl ander onafhanklike regeringsentiteite is. Daar bestaan ook privaat forensiese laboratoriums, sommige wat slegs vir DNA -analise toegewy is.
Baie laboratoriums het die vermoë om kern -DNA te toets, dit is die kopie van DNA wat in die kern van elke sel voorkom. Maar slegs 'n paar laboratoriums bied meer gespesialiseerde tegnieke, soos Y-chromosoom of mitochondriale DNA-analise. Kom ons kyk na 'n paar van hierdie tegnieke in meer detail.
Beperkingsfragmentlengte polimorfisme (RFLP) ontleding was een van die eerste forensiese metodes wat gebruik is om DNA te ontleed. Dit ontleed die lengte van DNA -stringe wat herhalende basispare insluit. Hierdie herhalings staan bekend as veranderlike getal tandem herhalings (VNTR's) omdat hulle hulself van een tot 30 keer kan herhaal.
RFLP -analise vereis dat ondersoekers DNA oplos in 'n ensiem wat die string op spesifieke punte breek. Die aantal herhalings beïnvloed die lengte van elke gevolglike DNA -string. Ondersoekers vergelyk monsters deur die lengtes van die drade te vergelyk. RFLP -analise vereis 'n redelik groot DNA -monster wat nie met vuil besmet is nie.
Baie laboratoriums vervang RFLP -analise met kort tandem herhaal (STR) ontleding. Hierdie metode bied verskeie voordele, maar een van die grootste is dat dit met 'n baie kleiner DNA -monster kan begin. Wetenskaplikes versterk hierdie klein monster deur 'n proses bekend as Polimerase kettingreaksie, of PCR. PCR maak kopieë van die DNA, net soos DNA self in 'n sel kopieer, en produseer bykans die gewenste hoeveelheid genetiese materiaal.
Sodra die betrokke DNA versterk is, ondersoek STR -analise hoe gereeld baspare herhaal word in spesifieke lokusse, of plekke, op 'n DNA -string. Dit kan dinukleotied-, trinukleotied-, tetranukleotied- of pentanukleotiedherhalings wees - dit wil sê herhalings van twee, drie, vier of vyf basispare. Ondersoekers soek dikwels na herhalings van tetranukleotied of pentanukleotied in monsters wat PCR -versterking ondergaan het, omdat dit die waarskynlikste is.
Die Federale Buro vir Ondersoek (FBI) het 20 spesifieke STR -lokusse gekies om as standaard vir DNA -analise te dien. Hulle het die getal in Januarie 2017 van 13 na 20 uitgebrei.
STR -tik: metode en toepassings
Hierdie maand se uitval deur The Primer op molekulêre diagnostiese tegnieke dek 'n metode wat bekend staan as kort tandem herhaal (STR) tik. STR -tik is 'n metode wat die meeste gebruik word vir molekulêre forensiese werk, maar dit word ook toenemend in die laboratorium vir molekulêre patologie gebruik as 'n metode om te gebruik (of terug te val, indien nodig) vir die opsporing en/of bevestiging van 'identiteit' van weefsel monsters. Terwyl die voormalige toepassing meer skermtyd in TV en films kry, is dit in die laasgenoemde konteks dat meer lesers die metode sal teëkom. Soos ons sal sien, is die werklike metode in beide gebruike identies.
Begrip van kort tandem herhalings
Ons begin deur te kyk wat 'n STR eintlik is. Regoor die menslike genoom is daar 'n groot aantal plekke ('loci') waar nie-koderende DNA-rye bestaan uit 'n kort (gewoonlik 3 of 4) nukleotiedelement, soos 'CGG' of 'ACAG', wat as 'n versameling voorkom van konkatameriese herhalings. Vir ons voorbeelde is dit onderskeidelik "CGGCGGCGG .... .CGG" en "ACAGACAGACAG ... .ACAG". As DNA-replikasie deur hierdie tipe elemente plaasvind, kan 'n spesifieke tipe fout voorkom: as die ontluikende (groeiende) string van die sjabloon loskom, kan dit dit effektief doen met 'glip' deur 'n eenheid aantal herhalings, sodat byna die hele baseparing weer kan herstel. Dit wil sê dat die polimerase na denaturering en herontginning van ontluikende string na sjabloon 'voor' of 'agter' kan wees waar dit was toe dit weg is. Namate die replikasie weer begin, het die ontluikende string 'n paar van die sjabloonherhalings 'oorgeslaan' of dit twee keer as sjabloon gelees. Die eerste lei tot 'n dogter -DNA -string met 'n verlies van 'n eenheidsnommer van die STR -herhalings, terwyl die tweede 'n dogterstreng lewer met 'n groter aantal STR -herhalings.
Hoe gereeld kom hierdie polimerase "glip" in 'n STR -streek voor? Die frekwensie kan met 'n aantal faktore wissel, maar die algemene antwoord is: skaars, maar gereeld genoeg sodat 'n populasie 'n reeks STR -herhalingsgetalle op 'n gegewe lokus sal vertoon.
Terwyl STR loci versprei oor die menslike genoom voorkom, word 'n klein aantal besonder goed verstaan. Dit is dié wat voorkom in 'n gebied geflankeer deur hoogs bewaarde unieke rye, sodat die unieke rye nie te na aan mekaar en nie te ver uitmekaar is nie, vir effektiewe PCR -versterking gebaseer op primers teen die unieke streke (ongeveer 50 tot 500 basis pare). As 'n STR -element soos hierdie bestaan, is dit moontlik om PCR -primers teen die omliggende gebiede te ontwerp en te weet dat (danksy bewaring) die primerset 'n produk sal versterk van enige ongeskonde menslike DNA -monster. Eintlik, as die betrokke STR -lokusse op 'n outosoom is soos die meeste is, sal 'n menslike DNA -monster twee loci -kopieë hê (een van maternaal afgeleide DNA, een van paternaal afgeleide), sodat twee PCR -produkte versterk sal word. Die belangrike detail hier is dat hoewel ons weet dat 'n PCR -produk (of twee produkte) vorm, ons dit nie weet nie a priori hoe lank die produkte sal wees. Die lengte sal afhang van die aantal STR -herhalings tussen die PCR -primer -terreine. Die mees bruikbare STR-loki is dié waar bevolkingsstudies 'n wye verskeidenheid herhalings aangetoon het, byvoorbeeld 5 tot 30. Hierdie reeks van 25 "herhalingsgetalle" vir 'n trinukleotied-herhalingselement sou lei tot 'n reeks van 75 basisse ( dws 25 x 3) van moontlike amplikongroottes, in stappe van drie basisse per herhaling.
Bekend onder loci -name soos "D1S80" of soms vir nabygeleë gene "TPOX", voldoen 'n spesifieke handjievol STR -loci aan hierdie bruikbaarheidskriteria en word goed bestudeer, met gepubliseerde primersets vir hul versterking en bekende populasiestatistieke vir individuele herhalingsgetalle by elke locus - dit wil sê vir 'n lokus in 'n gegewe etniese bevolking, word sommige herhalingsgetalle algemeen aangetref, en ander word minder gereeld aangetref.
Soek 'n DNA -vingerafdruk
Met dit in gedagte, verbeel ons ons neem 'n primerset vir 'n outosomale STR -lokus en voer 'n eenvoudige eindpunt -PCR uit op 'n menslike monster. Aan die einde van die PCR ontleed ons die PCR -produkte op grootte. Aangesien ons op soek is na 3-nt of 4-nt-stappe, sal gelelektroforese ons nie 'n goeie resolusie gee om produkte met een of twee herhalingsgetalle te onderskei nie, dus gebruik ons kapillêre elektroforese-volgordes om die produkgroottes presies te lees nukleotied. Ons monster kan 'n enkele grootte produk vertoon (wat aandui dat beide loci -kopieë dieselfde herhalingsnommer gehad het), of dit kan twee produkte vertoon, wat verskil in herhalingsgetalle (Figuur 1). Vir die loki wat ondersoek is, ken ons nou die herhalingsgetalle wat met die DNA -monster verband hou.
Verbeel ons ons neem 'n tweede DNS -monster en herhaal die eksperiment. As ons dit doen, en ons kry 'n ander resultaat as op die eerste monster, het ons die onontkombare gevolgtrekking dat die twee DNA -monsters van verskillende individue kom. As ons in plaas daarvan dieselfde resultate as die eerste monster kry, kan ons egter nie sê dat die monsters van dieselfde individu is nie. Dit is omdat dit moontlik is (tot 'n sekere statistiese vlak, afhangende van die bevolkingsfrekwensie van die resultaat wat vir hierdie lokus verkry is) dat 'n ander persoon dieselfde herhalingsgetalle as hierdie loki het.
Die tegniek kry krag wanneer ons verskeie STR -lokusse in elke monster toets. Die waarskynlikheid dat twee monsters presies ooreenstem, neem vinnig af namate ons meer loci ondersoek. Een algemeen gebruikte kommersiële STR -toets ondersoek 16 loci (15 outosomaal, en een spesiale chromosomale seks wat hieronder bespreek word) met beweerde spesifisiteitskoerse (dit is waarskynlikheid van twee individue wat ooreenstem met alle loci) van 1 uit 1,8 × 10 17 individue of meer— dit is baie keer die totale menslike bevolking van die planeet! Dit word algemeen bekend as 'n 'DNA-vingerafdruk', met waarskynlikhede van hierdie skaal, en dit is geen wonder dat DNA-bewyse toenemend toegepas word in forensiese en kriminele gebruike nie-beide in gewilde vermaaklikhede en in die werklike forensiese praktyk.
Betekenisvolle verhoudings
Benewens die bepaling (of weerlegging) van identiteit tussen twee monsters, kan die tegniek ook gebruik word om verwantskap te bepaal. Die helfte van enige individu se STR loci -herhalingsgetalle moet ooreenstem met waardes van die moederlike bron, en die ander helfte van die vaderlike bron. Broers en susters moet oor die algemeen ooreenstem met 'n kwart van die loci, ensovoorts, deur middel van eenvoudige Mendeliaanse genetiese verwantskappe. Gedetailleerde statistiese analise (insluitend die populasiefrekwensie van die spesifieke STR -tipes wat waargeneem word) kan gebruik word om hierdie soort data te verfyn en die verbandvlak tussen monsters te bewys of te weerlê tot 'n bekende statistiese waarskynlikheid. Let daarop dat sedert De novo STR -glipgebeurtenisse en/ of eksperimentele foute kan voorkom, 'n enkele afwyking van verwagte waardes kan die verband nie definitief weerlê nie; 'n wedstryd oor die oorblywende lokasies is moontlik nog steeds voldoende om 'n hoë verwantheidsekerheid te hê.
Noudat ons verstaan hoe hierdie metodiek toegepas word op die gewilde toepassings, wat van die meer alledaagse? Die krag en eenvoud van die STR-vingerafdrukmetode, tesame met die gereedheid daarvan in voorafgemaakte geoptimaliseerde kitformate, wat maklik uitgevoer kan word op laboratoriumtoerusting wat reeds algemeen in die laboratorium vir molekulêre patologie voorkom, maak dit 'n nuttige hulpmiddel vir die opsporing en/of bevestiging van verwantskap in monsters (of stukke monsters). Beskou 'n geval soos 'n moontlike tumorbiopsie, waar verskeie klein weefselstukke in 'n enkele FFPE -blok ingebed kan word. Roetine-immunohistochemie-analise word uitgevoer, en die resultaat toon dat die meeste weefselstukke nie-kankeragtig is, terwyl 'n enkele klein stuk. In sulke gevalle kan die probleem van die patoloog besorg word of al die weefselstukke in werklikheid uit dieselfde monster kom - of 'n 'drywer' uit 'n ander geval op 'n manier in die blok beland het? Alhoewel sulke gevalle versigtig beskerm word, is sulke gevalle nie onmoontlik nie en kan dit ernstige gevolge vir die pasiënt inhou. Die STR -tikmetode kan 'n baie nuttige hulpmiddel wees in 'n geval soos hierdie, waar 'n mikroskopiese gedeelte van die betrokke weefselstuk as 'n sjabloon vir een DNA -vingerafdruk kan dien, met 'n verwysingsmonster van die pasiënt wat 'n ander lewer. 'N Pasmaat bevestig die "verwantskap" (al dan nie) van die weefselstuk en die pasiënt, en verseker die korrekte toewysing van die diagnose.
Hierbo is 'n spesifieke STR -lokus op die geslagschromosome genoem. Dit kom voor in die amelogenien -geen, maar dit is nie 'n klassieke STR nie, waar die grootte van 'n herhalingselement eerder kan wissel; dit blyk dat die weergawe van die amelogenien -geen op die X -chromosoom gedra word (AMELX twee keer by vroue en een keer by mans) is nie presies lengte-identies met dieselfde gebied van die amelogenien-geen wat op die Y-chromosoom gedra word nie (AMELIE een keer by mans). 'N Intron in AMELY bevat 'n 6-basis-invoeging relatief tot dieselfde intron in AMELX. (Let daarop dat aangesien die invoeging in 'n intron is, die koderende gene gedeeltes identies is.) As dit versterk word deur primers wat hierdie gebied flankeer, is AMELY-afgeleide produkte dus 6 bp langer as AMELX-afgeleide. Die mees gebruikte primerset vir hierdie lokus lewer dus 'n enkele produk van 106 bp (twee loci -kopieë, dieselfde grootte) vir DNS -monsters van wyfies, en 'n dubbelproduk van 106/112 bp (een van elke locus) van mans. Hierdie enkele lokustoets regeer dus effektief in (of uit) ongeveer die helfte van die populasie as moontlike bronne vir 'n gegewe DNA -monster, en word gereeld in STR -tikpanele ingesluit. Gegewe die grootte, is hierdie lokus ook skaars te onderskei op 'n agarose -gel met goeie tegniek, wat dit 'n goeie demonstrasie van die algehele benadering in die klas maak, sonder dat toegang tot 'n kapillêre sequencer -instrument nodig is.
Wat van gemengde monsters? Die metode wat hierbo beskryf is, het veronderstel dat elke monster wat getoets is, uit 'n enkele bron kom en werk die beste in hierdie 'perfekte' situasie. In werklike gevalle met klein eweredige hoeveelhede ander DNA, werk die metode egter steeds. Die primêre sjabloon sal die grootste deel van die produk oplewer, met klein hoeveelhede produkte wat uit die besmette sjabloon voortspruit. Kapillêre opeenvolgers toon die werklike piekoppervlakte vir elke produk wat opgespoor word, sodat die primêre monster 'n groot stel pieke met klein sypieke kan toeskryfbaar aan kontaminant.
Terug te keer na Figuur 1: 'n skets van hipotetiese STR -resultate vir vier STR -merkers "A", "B", "C" en "D." Monsters 1, 2 en 3 verteenwoordig drie verskillende monsters wat vir hierdie merkers getoets is, aangesien die rou kapillêre elektroforese tot gevolg het. Elke monster bevat twee vaste grootte standaarde, "R1" en "R2", wat gebruik word om die resultate tussen monsters in lyn te bring. Elke elektroferogram toon self seinsterkte versus produkgrootte en is verdeel in streke "A", "B", "C" en "D." Elke streek verteenwoordig die verwagte reeks moontlike amplikongroottes vanaf die STR -merker met dieselfde naam. Met inagneming van Voorbeeld 1, kan gesien word dat die bron heterosigoties is vir STR -groottes by merkers A, C en D, (twee verskillende produkte wat in spesifieke groottes gevorm word), maar homosigoties is vir beide B -merkerallele. (Daar is twee produkte, maar van dieselfde grootte, wat 'n enkele piek lewer.) Voorbeeld 2 sou 'n baie lae genetiese verband hou met monster 1, dat STR -merkers B, C en D heterosigoties is terwyl A homosigoties is, en dat oor die algemeen is 'n paar van die allelgroottes in ooreenstemming met monsters 1 en 2. In teenstelling hiermee is monster 3 presies dieselfde as monster 1, wat dui op identiteit (of ten minste 'n hoë mate van verwantskap). 'N Werklike STR -uitslag lyk soortgelyk aan hierdie, maar met meer merkers, wat groter statistiese krag moontlik maak om nie verband te hou nie.
John Brunstein, PhD, 'n lid van die MLO Editorial Advisory Board, is president en CSO van die in British Columbia gebaseerde PathoID, Inc.
Roepat Str - Geskiedenis
Die meeste van ons DNA is identies aan DNA van ander. Daar is egter oorerflike streke van ons DNA wat van persoon tot persoon kan wissel. Variasies in die DNA -volgorde tussen individue word 'polimorfismes' genoem. Soos ons in hierdie aktiwiteit sal ontdek, is rye met die hoogste polimorfisme baie nuttig vir DNA -analise in forensiese gevalle en vaderskapstoetse. Hierdie aktiwiteit is gebaseer op die ontleding van die oorerwing van 'n klas DNA -polimorfismes bekend as 'Short Tandem Repeats', of bloot STR's.
STR's is kort rye DNA, normaalweg met lengte 2-5 basispare, wat talle kere op 'n kop-stert-manier herhaal word, dws die 16 bp-reeks van "gatagatagatagata" sou 4 kop-stert-kopieë van die tetramer "gata" voorstel . The polymorphisms in STRs are due to the different number of copies of the repeat element that can occur in a population of individuals.
D7S280
D7S280 is one of the 13 core CODIS STR genetic loci. This DNA is found on human chromosome 7. The DNA sequence of a representative allele of this locus is shown below. This sequence comes from GenBank, a public DNA database. The tetrameric repeat sequence of D7S280 is "gata". Different alleles of this locus have from 6 to 15 tandem repeats of the "gata" sequence. How many tetrameric repeats are present in the DNA sequence shown below? Notice that one of the tetrameric sequences is "gaca", rather than "gata".
TH01
We have made and will continue to make great efforts to ensure the accuracy and completeness of the data included in this STR database. Information will be added from time-to-time to keep this site as up-to-date as possible. The National Institute of Standards and Technology (NIST) is in no way responsible for information provided through this site, including hyperlinks to commercial sources of materials. Certain commercial vendors are identified in this web site to benefit the DNA typing community. In no case does such identification imply a recommendation or endorsement by NIST nor does it imply that the material, instrument or equipment identified is necessarily the best available for human identity testing.
All users agree that all access and use of this web site and on any site linked to this one and the content thereof is at their own risk. Neither NIST nor the webmaster for the STR DNA Internet Database assume responsibility or liability for the content of pages outside of this web site.
The Geriatric Patient
Steven J. Schwartz MD , Frederick E. Sieber MD , in Anesthesia and Uncommon Diseases (Sixth Edition) , 2012
Diagnosis and Differential
The DNA-repeat expansion forms the basis of a diagnostic blood test for the disease gene. Patients having 38 or more CAG repeats in the Huntington's disease gene have inherited the disease mutation and will eventually develop symptoms if they live to an advanced age. Each of their children has a 50% risk of also inheriting the abnormal gene a larger number of repeats is associated with an earlier age at onset. Huntington's can also be diagnosed by caudate atrophy on magnetic resonance imaging (MRI) in the context of an appropriate clinical history.
Differential diagnosis of Huntington's disease includes other choreas, hepatocerebral degeneration, schizophrenia with tardive dyskinesia, Parkinson's disease, Alzheimer's disease, and other primary dementias and drug reactions.
Performing STR Analysis
This method differs from RFLP since in STR analysis DNA is not cut with restriction enzymes. Probes are attached to preferred regions on the DNA, and a PCR is employed to discover the lengths of the short tandem repeats.
The whole process for STR typing comprisesof collection of sample, extraction of DNA, quantisation of DNA, amplification of multiple STR loci by PCR, separation and sizing of STR allele, STR typing followed by profile interpretation, and possibly a report of the statistical significance of a match. Current forensic systems apply 10 (e.g. United Kingdom) or 13 (e.g. United States) STR loci. Kits with PCR primers for the standard STR loci are available commercially.
Numerous PCR reactions are performedconcurrently in a single tube at different STR loci, which give several products (two for each locus). The required components are as follows:
§ A DNA sample, e.g. blood or buccal cells from a suspect or a tissue, hair, nail from the scene of a crime
§ Two oligonucleotide PCR primers: one unlabelled reverse primer and one primer labelled at the 5 ′ -end with 32 P
§ A DNA polymerase (thermos table)
§ Four deoxynucleoside triphosphates which are as follows: dATP, dGTP, dCTP, dTTP.
The labelled PCR products separate according to size when run on a polyacrylamide gel. DNA ladder is obtained and works as characteristic of an individual (Fig.7) .
Repeat specific rows or columns on every printed page
If a worksheet spans more than one printed page, you can label data by adding row and column headings that will appear on each print page. These labels are also known as print titles.
Follow these steps to add Print Titles to a worksheet:
On the worksheet that you want to print, in the Page Layout tab, click Print Titles , in die Bladsy opstelling groep).
Let wel: The Print Titles command will appear dimmed if you are in cell editing mode, if a chart is selected on the same worksheet, or if you don’t have a printer installed. For more information about installing a printer, see finding and installing printer drivers for Windows Vista. Please note that Microsoft has discontinued support for Windows XP check your printer manufacturer's Web site for continued driver support.
Op die Blad tab, under Print titles, do one—or both—of the following:
In die Rows to repeat at top box, enter the reference of the rows that contain the column labels.
In die Columns to repeat at left box, enter the reference of the columns that contain the row labels.
For example, if you want to print column labels at the top of every printed page, you could type $1:$1 in die Rows to repeat at top box.
Tip: U kan ook op die Collapse Popup Window buttons at the right end of the Rows to repeat at top en Columns to repeat at left boxes, and then select the title rows or columns that you want to repeat in the worksheet. After you finish selecting the title rows or columns, click the Collapse Dialog button again to return to the dialog box.
Let wel: If you have more than one worksheet selected, the Rows to repeat at top en Columns to repeat at left boxes are not available in the Bladsy opstelling dialoog boks. To cancel a selection of multiple worksheets, click any unselected worksheet. If no unselected sheet is visible, right-click the tab of a selected sheet, and then click Ungroup Sheets on the shortcut menu.
